LCM wordt bestuurd door diverse advies- en beleidsinstanties:
Over materies die uitsluitend tot de Nederlandstalige of Franstalige taalgemeenschap behoren, kan elk statutair orgaan afzonderlijk beraadslagen. Hiertoe zijn de Nederlandstalige ziekenfondsen verenigd in de Vlaamse Christelijke Mutualiteiten (VCM).
Daarnaast hebben de Nederlandstalige ziekenfondsen nog maatschappijen voor onderlinge bijstand (MOB) opgericht:
Deze maatschappijen hebben hun eigen statutaire beleidsorganen.